Namun hal ini tidak berlangsung lama. Krisis finansial yang melanda dunia di 2008 ternyata juga berimbas ke perekonomian Indonesia. Belum pulih benar, kini Indonesia harus jatuh sekali lagi karena pasar keuangan dan sektor riil yang ikut ambruk.

Hal ini dapat dilihat dari gejolak yang terjadi di pasar modal, dimana IHSG terus meluncur dari 2,165 di September 2008 menjadi 1,111 di bulan berikutnya. Kurs Rupiah terhadap Dollar AS terus melemah, dari Rp. 9.478 di Oktober 2006 menjadi Rp. 12.650 di November 2008 hingga akhirnya bisa turun sedikit menjadi Rp. 10.925 di bulan berikutnya. Cadangan devisa negara pun ikut merasakan dampaknya. Pada Juli 2008, Indonesia memiliki USD 60,6 miliar namun turun menjadi USD 51,6 miliar di Desember. Begitu juga Sertifikat Bank Indonesia (SBI) yang dalam satu tahun mengalami penurunan hingga mencapai Rp. 64,9 triliun.

Pemerintah tidak berdiam diri. Untuk menjaga laju inflasi, pemerintahan SBY memperbesar alokasi subsidi energi. Pada 2004, besar subsidi energi adalah 13,7% dari APBN dengan tingkat inflasi 6,4%. Ketika inflasi meningkat hingga 17,11% di 2005, alokasi subsidi diperbesar menjadi 22,7% di 2008. Hasilnya inflasi berhasil drop ke angka 2,78% di 2009. Begitu inflasi naik lagi menjadi 8,36% di 2014, pemerintah pun kembali menaikkan persentasi subsidi energi menjadi 19,20% di 2014.