Indonesia merupakan negara dengan penduduk muslim terbesar di dunia. Dalam survei BPS tercatat sebanyak 207 juta penduduk beragama muslim dari total 255 juta jiwa. Hal ini tidak lepas dari latar belakang pengaruh masuknya agama Islam pada masa Nusantara hingga jaman kolonialisme.

Meski awal Nusantara didominasi oleh pemeluk agama Hindu, namun seiring masuknya para pedagang beragama Islam dari India dan Arab, perlahan muncul generasi awal pribumi pemeluk agama Islam. Para generasi awal ini kemudian hari mendirikan pusat-pusat pembelajaran Alquran di berbagai daerah dan akhirnya melahirkan cikal bakal pesantren.

Di Indonesia sendiri terdapat banyak pesantren, hingga tahun 2015 sedikitnya terdapat 27.218 pesantren dengan total santri mencapai 3,6 juta jiwa. Jenis pesantrennya 49% adalah Salafiah dan sisanya 11% merupakan Khalafiyah, namun ada juga yang menganut kombinasi keduanya sebanyak 39%.

Lima Pondok Pesantren yang tercatat sebagai pesantren tertua di Indonesia yakni: Ponpes Sidogiri (1745); Ponpes Jamsaren (1750); Ponpes Buntet (1950); Ponpes Miftahul Huda (1785); dan Ponpes Darul Ulum Banyuanyar (1987).