Lain pemimpin, lain pula rintangannya. Di masa pemerintahan Abdurrahman Wahid (Gus Dur), perekonomian Indonesia kembali menghadapi tantangan berat. Kebijakan-kebijakan ekonomi Gus Dur yang mengundang kerutan di dahi para pakar, juga perseteruannya dengan DPR dan IMF mempengaruhi iklim perekonomian Indonesia saat itu.

Sejumlah kebijakan seperti upaya mengubah independensi BI lewat amandemen UU BI, bea masuk impor mobil mewah untuk KTT G-15 yang jauh lebih rendah dari yang seharusnya (hanya 5% sementara seharusnya 75%), dan otonomi daerah yang membebaskan daerah untuk mengajukan pinjaman luar negeri tidak populer di masyarakat dan menuai protes.

Kondisi perekonomian yang tampak memburuk setelah sebelumnya menunjukkan gejala-gejala kepulihan di masa pemerintahan BJ Habibie meresahkan publik dan para investor. Nilai tukar Rupiah terhadap Dollar AS yang semula Rp. 7.500 (1999) menjadi Rp. 9.800 (2001), Pergerakan Indeks Harga Saham Gabungan (IHSG) turun dari 580 menjadi 458, begitu pun tingkat pertumbuhan ekonomi yang semula 5% (2000) menjadi 3,6% (2001). Sebaliknya, tingkat inflasi pun meningkat drastis, dari 2% (1999) menjadi 12,6% (2001).

Di luar itu, pemerintahan Gus Dur bukannya tanpa capaian. Melalui desentralisasi fiskal, pemerintah berama-sama dengan Bank Dunia brupaya menurunkan tingkat kemiskinan melalui program pengembangan kecamatan. Selain itu, juga ada proyek pedesaan, mulai dari pembangunan infrastruktur seperti jalan, jembatan dan saluran irigasi dan sanitasi, juga memberikan bantuan Kredit Usaha Mikro.