Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM) mencatat adanya kenaikan kasus intolerasi di Indonesia setiap tahun. Peningkatan kasus intoleransi mengkhawatirkan kebhinekaan Indonesia.

Kasus intoleransi termasuk juga pelanggaran HAM terkait kebebasan beragama dan berkeyakinan terjadi dalam beberapa bentuk. Pelanggaran itu antara lain melarang aktivitas keagamaan, merusak rumah ibadah, diskriminasi atas dasar keyakinan atau agama, intimidasi, dan pemaksaan keyakinan.

Gerakan Antropolog untuk Indonesia yang Bhineka dan Inklusif (AUI) mengungkapkan tiga faktor yang memicu intoleransi di Indonesia. Tiga hal itu adalah pendidikan, ketidakadilan dalam pemanfaatan sumber daya alam, dan penegakkan hukum.